Eläinfysioterapiassa sovelletaan samoja tietoja ja käytännön taitoja, joita käytetään ihmisten fysioterapiassa. Eläinfysioterapeutin on hallittava eläimen lajikohtainen anatomia, fysiologia ja liikkumisen biomekaniikka sekä tunnettava eläimen lajityypillinen käyttäytyminen.
Eläinfysioterapian menetelmiin kuuluvat mm. manuaalinen terapia (venyttelyt, mobilisaatiot, manipulaatiot ja hieronta), fysikaaliset hoidot, terapeuttinen harjoittelu, vesiterapia, lastat, tuet ja muut apuvälineet sekä ohjaus ja neuvonta.
